Национальные парки и заповедники
Всего в стране свыше 35 национальных парков (9,7% площади страны, 1997), созданных для охраны редких животных и сохранения живой природы.
Многие виды животных, в т.ч. орангутанг, яванский и суматрийский носорог, находятся на грани исчезновения и встретить их можно теперь почти исключительно в заповедниках.
В Список Всемирного наследия включены парки:
Уджунг Кулон (Западная Ява, 1206 кв. км),
Koмодо (Комодо, 1817 кв. км),
Лорентц (Западное Папуа, 25 000 кв. км),
а также парки проекта «Наследие тропических лесов Суматры»:
Национальный парк Керинчи Себлат (Центральная Суматра, 15 000 кв. км),
Национальный парк Гунунг-Лёсер (Северо-Западная Суматра, ок. 9500 кв. км),
Национальный парк Букит Барисан Селатан (Южная Суматра, 3650 кв. км).
Другие природные парки:
Сиберут (Западная Суматра, 4030 кв. км),
Танджунг Путинг (Центральный Калимантан, 3040 кв. км),
Кутаи (Восточный Калимантан, ок. 2000 кв. км),
Меру Бетири (Восточная Ява, 580 кв. км),
Алас Пурво (Юго-Восточная Ява, 434 кв. км).
Статус охраняемой территории распространен также на обширную сеть морских заповедников.