Моря
Индонезийский архипелаг располагается между двумя океанами - Тихим и Индийским.
Большинство внутренних морей относится к бассейну Тихого океана, исключением являются Тиморское и Арафурское моря (бассейн Индийского океана) расположенные между островами Индонезии и Австралией.
Крупнейшими морями омывающими острова архипелага являются - Южно-Китайское море (омывает север о. Калимантан) и Яванское море (между о. Ява и о. Калимантан).
Другие моря:
море Сулавеси - между одноимённым островом и Филиппинскими островами;
море Банда - между Малыми Зондскими островами и Молуккскими;
Молуккское море - между о-вами Сула и о. Сулавеси;
море Серам - между о. Серам и Северо-Молуккской группой островов;
море Саву - между о. Тимор и о. Флорес;
море Флорес - между о. Флорес и о. Сулавеси;
море Бали - между островами Бали и Кангеан;
море Хальмахера - омывает южное побережье одноименного острова.