На острове Калимантан и юге п-ова Малакка климат экваториальный, на остальной части полуострова субэкваториальный муссонный, что определяет сезонные различия в погоде данных районов.
На равнинах среднемесячные температуры воздуха колеблются в интервале 25–28° С. Днем температура редко поднимается выше +32° С, а ночью опускается примерно до +21° С.
В горах климат умеренный, а на больших высотах – прохладный.
Среднегодовая сумма осадков на равнинах составляет 1500–2500 мм в полуостровной части страны и 3750 мм на о.Калимантан (Борнео), повышаясь в горах до 4000–5000 мм.
Осадки выпадают круглый год, но в результате чередования северо-восточного и юго-западного муссонов обнаруживают сезонную изменчивость (самый дождливый месяц декабрь, а с февраля по июнь осадки менее обильны).
В целом в Сараваке и на восточном побережье Полуостровной Малайзии ненастная погода бывает чаще, чем на ее западном побережье и в Сабахе.
Максимальное годовое количество влаги зафиксировано в местечке Лонг-Атар в Сараваке (6000 мм).
Гора Кинабалу на севере Калимантана (штат Сабах) довольно часто покрывается белой шапкой снега.